R Markdown

Pomocí R Studia můžeme jednoduše vytvářet pěkné dokumenty, obsahující jak klasický text (včetně nadpisů, bodových nebo číslovaných seznamů, vzorců apod.), tak ale také fragmenty skriptů v R.

Velikou výhodou je, že výsledky příkazů v R se do dokumentu připojují, takže se nemusíte příliš starat o ukládání obrázků. Výsledky přitom můžete rovnou komentovat.

Čtenář tak má k dispozici nejenom váš text komentující celé zpracování dat, ale také vidí, kterými příkazy jste k výsledkům dospěli.

Jedním stiskem tlačítka se zdrojový soubor R Markdown spustí, všechny části v R se vypočtou a výstupem je jeden kompaktní soubor .html, který lze zobrazit ve všech moderních prohlížečích. Můžete ho někomu poslat e-mailem (všechny obrázky jsou vloženy přímo do .html souboru), a nebo vyvěsit na internet. Pokud nemáte vlastní server, R Studio nabízí zdarma možnost publikovat na server rpubs.com, kde si stačí jednoduše zřídit účet a publikovat na něj jde opět z R Studia stiskem jednoho tlačítka.

Vytvoření souboru R Markdown

Z menu File, New File, R Markdown, a nebo přímo tlačítkem na liště.

Nemusíte nic vyplňovat, ani měnit, vše jen potvrďte tlačítkem OK. Cokoliv je možné později upravit.

Vytvoří se automatická šablona, kterou můžete začít upravovat, a nebo ji celou smažte a začněte tvořit sami od začátku.

Úpravy dokumentu

Do dokumentu můžete psát obyčejný text, nadpisy se označují znakem mřížka (čím více mřížek, tím menší nadpis).

Jednotlivé fragmenty skriptu v R umísťujte pomocí následujícího značení (jedná se o značku zpětný apostrof, kterou najdete na anglické klávesnici nalevo od jedničky, nebo si ji zkopírujte z šablony, kterou R Studio při vytvoření dokumentu automaticky vytvoří).

Pokud provádíte nějaké výpočty, uložíte je do proměnné a obsah této proměnné chcete v dokumentu zobrazit, použijte ve skriptu na samostatném řádku příkaz print(jmenoPromenne).

Nápověda: rychlý přehled značek R Markdown je v nápovědě Help, Markdown Quick Reference.

Krásný materiál k R Markdown naleznete na stránce [http://www.rstudio.com/resources/cheatsheets/] v části R Markdown Cheat Sheet.

Spuštění souboru R Markdown: vytvoření HTML souboru s výsledky

Pozor! Dokument by raději měl vždy končit prázdným řádkem, jinak ve starších verzích skončilo vytvoření HTML chybovou hláškou.

Pozor č.2! Ve staré verzi RStudia 0.98.1103 byla chyba, soubor musel být uložen jedině v adresáři bez diakritiky. V nových verzích byl problém odstraněn.

Spuštění všech skriptů a sestavení výsledného HTML souboru uděláte tlačítkem Knit HTML.

Při prvním spuštění budete pravděpodobně požádáni o provedení automatické instalace některých knihoven. K tomu je potřeba internet, ale vše se provede samo.

V novém okně se pak zobrazí náhled výsledného dokumentu, v pracovním adresáři vznikne soubor s příponou .html, který můžete dvojklikem otevřít i ve svém oblíbeném internetovém prohlížeči.

Publikování souboru na internetu

Výsledný .html soubor můžete např. komukoliv poslat e-mailem. Pokud má internetový prohlížeč, bez problémů ho zobrazí.

Jestliže máte k dispozici www server, můžete tam soubor nahrát a bude se chovat jako normální webová stránka.

Když vlastní server nemáte, můžete se zdarma zaregistrovat na serveru rpubs.com, stačí zadat jméno, heslo a e-mail.

Následně klepněte na Publish (v náhledu vytvořené .html stránky v RStudiu), zadejte své údaje a je hotovo.

Pozor! Dokument tím bude veřejný pro celý svět. Publikujte pouze to, u čeho vám nevadí, že bude naprosto veřejně přístupné pro kohokoliv. Samozřejmě je možné kdykoliv dokument ze stránek rpubs.com opět odstranit.


© 3. 3. 2016 Tomáš Bořil, borilt@gmail.com